Analisis Pembentukan Struktur Sekunder dan Tersier pada Protein
Kita tahu bahwa semua organisme menggunakan protein untuk melakukan sejumlah fungsi yang penting untuk kehidupan. Protein merupakan suatu senyawa yang umum dalam biologi sebagai suatu pertanda kehidupan. Kata protein berasal dari kata proteus artinya yang utama. Pada kesempatan kali ini akan dibahas mengenai struktur dari protein.
Struktur protein
Struktur protein dapat dikelompokkan menjadi empat golongan, yaitu struktur primer, sekunder, tersier, dan kuarterner.
1. Struktur primer
Struktur primer atau tingkat satu dalam protein merupakan urutan pertama asam amino penyusun protein yang kemudian dihubungkan melalui ikatan peptida atau amida. Struktur primer adalah struktur linear dari rantai protein. Dalam struktur ini tidak terjadi antaraksi, baik dengan rantai protein yang lain maupun di antara asam amino dalam rantai protein itu sendiri.
2. Struktur sekunder
Struktur sekunder atau tingkat dua dalam protein adalah struktur 3D lokal dari berbagai rangkaian bentuk asam amino pada protein yang distabilkan oleh ikatan hidrogen atau amida. Berbagai bentuk struktur sekunder misalnya sebagai berikut:
°° alpha helix (α-helix "puntiran-alfa"), yang berupa pilinan rantai asam-asam amino berbentuk spiral
°° beta-sheet (β-sheet "lempeng-beta"), yang berupa lembaran lebar yang tersusun dari sejumlah pilinan rantai asam-asam amino yang saling terikat melalui ikatan hidrogen atau ikatan tiol (S-H)
°° beta-turn (β-turn "lekukan-beta")
gamma-turn (γ-turn "lekukan-gamma").
3. Struktur tersier
Struktur tersier atau tingkat tiga dalam protein adalah gabungan dari aneka ragam dari struktur sekunder atau tingkat dua. Struktur tersier biasanya berbentuk seperti sebuah gumpalan.
Struktur tersier merupakan struktur tiga dimensi sederhana dari rantai protein. Dalam struktur ini, selain terjadi folding membentuk struktur α–heliks dan β–sheet, juga terjadi antaraksi van der Waals dan antaraksi gugus nonpolar yang mendorong terjadi lipatan.
4. Struktur kuartener
Struktur tertinggi dari protein adalah struktur kuarterner. Dalam struktur ini, protein membentuk molekul kompleks, tidak terbatas hanya pada satu rantai protein, tetapi beberapa rantai protein bergabung membentuk seperti bola.
Jadi, pada struktur kuartener molekul protein di samping memiliki ikatan hidrogen, gaya van der Waals, dan antaraksi gugus nonpolar, juga terjadi antaraksi antar rantai protein baik melalui antaraksi polar, nonpolar, maupun van der Waals. Contoh dari struktur ini adalah molekul Hemoglobin, tersusun dari empat subunit rantai protein.
PERMASALAHAN:
1. Jelaskan mengenai bentuk lembaran berlipat paralel dan anti paralel pada struktur sekunder protein!
2. Mengapa suatu polipeptida cenderung membentuk struktur sekunder?
3. Jelaskan ikatan-ikatan apa saja yang dapat menstabilkan struktur tersier pada protein!
Saya demiati akan membahas pertanyaan nomor 3 yang mana Struktur Tersier merupakan bentuk tiga dimensi yang sederhana dari suatu protein. Protein dengan struktur ini selain melakukan folding (melipat) membentuk struktur α-heliks maupun β-sheet, juga terjadi interaksi-interaksi nonkovalen lain antara rantai sisi residu asam amino yang penting dalam menstabilkan struktur tersier dan mendorong terjadinya folding yang tepat dari suatu protein yang terdiri atas interaksi hidrofobik dan elektrostatik serta ikatan hidrogen. Selain itu, ikatan kovalen yang terjadi melibatkan pembentukkan ikatan disulfida antara residu sistein.
BalasHapusProtein cenderung mengadakan lipatan-lipatan sehingga atom terkemas rapat gaya van der waals antara atom-atom berperan penting dalam menstabilkan struktur protein. Salah satunya ikatan disulfida yaitu ikatan antara dua residu sistein dalam rantai polipeptida yang sama maupun dalam rantai polipeptida yang berbeda. Ikatan -S-S- berperan penting dalam menstabilkan pembentukkan konformasi protein ekstraseluler, contohnya pada hormon insulin.
Begitu juga dengan interaksi hidrofobik yang berperan penting bagi struktur protein. Asam amino hidrofobik cenderung berikatan dibagian dalam protein tempat asam amino tersebut tidak berkontak dengan air, sedangkan asam amino hidrofilik terletak di permukaan protein tempat asam amino berinteraksi dengan air di sekelilingnya.
Saya desi ratna sari akan menjawab permasalahan nomor 2. Suatu polipeptida cenderung membentuk struktur sekunder karena regularitas rangka rantai dank arena struktur sekunder membuat maksimal jumlah ikatan H yang dapat di bentuk
BalasHapusSaya desi ratna sari akan menjawab permasalahan nomor 2. Suatu polipeptida cenderung membentuk struktur sekunder karena regularitas rangka rantai dank arena struktur sekunder membuat maksimal jumlah ikatan H yang dapat di bentuk
BalasHapusnama saya dolla mulyana harnas dengan nim A1C116080 akan mencoba menjawab nomor 1 Ada dua bentuk lembaran berlipat, yaitu bentuk paralel dan bentuk anti paralel. Bentuk paralel terjadi apabila rantai polipeptida yang berikatan melalui ikatan hidrogen itu sejajar dan searah, sedangkan bentuk anti paralel terjadi apabila rantai polipeptida berikatan dalam posisi sejajar tetapi berlawanan arah.
BalasHapus